En la época musulmana fue alquería y posteriormente, tras la conquista por la tropas de Jaime I de Aragón, fue donada a Andrés y Alberto Flix en 1249. A principios del siglo XVII, Pedreguer contaba con un número importante de habitantes, pero, al ser de religión musulmana, la expulsión de los moriscos decretada en 1609 provocó un despoblamiento casi total del lugar. Los nuevos habitantes que les reemplazaron provinieron principalmente de las Islas Baleares.